La Institución inició sus labores en el año 1970, como anexo al IDEM Arboletes, del municipio de Arboletes. En 1975, mediante el Decreto Departamental Nº 02217 del 16 de diciembre de 1974, pasa a ser independiente con el nombre de IDEM SAN PEDRO DE URABÁ.
En 1983 se aprueba la Básica Secundaria y la Media Académica, mediante Resolución Nacional Nº 21205 del 2 de diciembre del mismo año, hasta nueva visita.
En 1996 se constituye como LICEO SAN PEDRO DE URABÁ, mediante la circular Nº 35 de agosto 6 del 1996 y el Decreto Nº 2434 del 8 de julio del año 1996, amparado en el Decreto Nº 1209 del 9 de agosto del mismo año.
En 1997 se aprueba la Media Técnica por Resolución 1002 del 11 de agosto del mismo año; en 1999, se fortalece la media técnica con el convenio SENA – SEDUCA, mediante Resolución 0319 de 1999. Desde el año 2001, y después de un ESTUDIO DIAGNÓSTICO, El LICEO SAN PEDRO DE URABA, brinda a los estudiantes de la EDUCACIÓN MEDIA, además del BACHILLERATO TÉCNICO, el BACHILLERATO ACADÉMICO con PROFUNDIZACIÓN en CIENCIAS NATURALES y MATEMÁTICAS.
A partir de febrero 20 de 2003, mediante la Resolución Departamental No. 1298 en su Artículo primero y atendiendo a las exigencias de la Ley 715/2001, se hizo necesario la REORGANIZACIÓN del SECTOR EDUCATIVO, por tal razón el LICEO SAN PEDRO DE URABÁ, se denominará en adelante INSTITUCIÓN EDUCATIVA SAN PEDRO DE URABA, a la que se le fusionaron mediante la misma Resolución: la Escuela Urbana Brisas de Urabá y la Escuela Urbana Policarpa Salavarrieta.
Desde el año 2006 se empezó a ofrecer el Bachillerato Académico con Profundización en Humanidades, con el fin de ofrecer a los y las estudiantes otras alternativas que fomenten la educación integral y el acceso a la educación superior. En este mismo año (2006), se da el proceso de articulación con el SENA, respondiendo a las posibilidades de oferta laboral, que ofrecen los diferentes programas, en este momento, la institución tiene como opciones en la Especialidad Agropecuaria, dos programas: VIVERISTA FORESTAL Y TRABAJADOR PECUARIO.
En el año 2010, debido a los requerimientos del SENA, desaparecen los programas de VIVERISTA FORESTAL y TRABAJADOR PECUARIO y son reemplazados por los programas de MAYORDOMÍA y PRODUCCIÓN PECUARIA respectivamente.
En este mismo año la institución celebra su cuadragésimo aniversario, contando hasta el momento con 2.224 egresados.
En el año 2012 la institución continúa ofreciendo la especialidad agropecuaria con los programas de mayordomía y producción pecuaria, y el bachillerato académico con las profundizaciones en humanidades, ciencias naturales y matemáticas.
